甲씨는 5년간 농지로 보유하던 토지 위에 주택을 신축하여 5년 동안 거주하다 최근에 다른곳으로 이사를 위하여 양도하게 되었다.

甲씨가 1세대 1주택자이긴 하지만 9억을 초과하는 고가주택이기 때문에 신고를 하여야 했고, 전체 양도차익에서 비과세 양도차익¹⁾ 만큼 발라낸 후의 양도차익에서 토지는 80%(10년x8%)의 장기보유특별공제율을 건물은 40%(5년x8%)의 장기보유특별공제율을 공제한 뒤 신고하였다.

¹⁾ 양도차익x9억/양도가액

세무서에서는 토지의 장기보유특별공제율에 문제가 있다고 보고 수정신고를 요구하였다. 주택의 장기보유특별공제율에는 문제가 없으나 주택 부수토지의 장기보유특별공제율은 80%가 아니라 40%가 맞다는 것이다.

소득세법 제95조 [ 양도소득금액 ]

① 양도소득금액은 양도가액에서 취득가액과 그 밖의 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 장기보유특별공제액이란 토지·건물(미등기양도자산과 다주택자의 조정대상지역에 있는 주택은 제외)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권 관리처분계획인가 전의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

다만, 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

표1

표2

甲씨는 1세대 1주택자여서 비과세를 받을 수 있으나 양도가액이 9억을 초과하는 고가주택이기 때문에 신고를 하여야 하는 케이스였다. 1세대 1주택 고가주택 계산은 9억을 초과하지 않은 주택과의 형평을 맞추기 위해 양도차익에서 9억을 초과하는 부분에 대해서만 과세를 하고 장기보유특별공제율도 2% (표1)기준이 아닌 8%(표2)를 기준으로 공제하고 있다.

甲씨의 경우는 5년동안 보유하던 농지위에 주택을 신축하여 5년간 살았으므로 토지의 보유기간은 총 10년이고 주택의 보유기간은 총 5년인데, 8%의 고율의 공제율을 토지보유기간 10년에 모두 다 적용·신고하여 문제가 된 케이스이다.

그렇다면 이렇게 1세대 1주택에 해당하는 경우로서 주택보다 보유기간이 오래된 부수토지에 대한 장기보유특별공제 계산방법은 어떻게 될까? 관련예규를 살펴보자.

위 예규에서 토지의 전체보유기간의 공제율이란 10년에 표1을 적용한 20%(10년x2%)이 될것이고, 주택 부수토지로서의 보유기간에 따른 공제율은 5년에 표2를 적용한 40%(5년x8%)이 될 것이다. 둘 중 큰 공제율을 적용하면 된다. 주택이 완공되어야 해당 토지가 주택의 부수토지로 볼 수 있기 때문에 주택 부수토지로서의 보유기간이란 주택이 완공된 후부터 양도일까지를 말한다.

결론적으로는 주택부수토지에 대한 공제율은 80%가 아닌 Max (20%, 40%) = 40%을 적용했어야 하는 것이다.

더 나아가 구주택을 멸실하고 그 토지에 주택을 신축(임의 재건축)하여 1세대 1주택으로 양도하는 경우의 주택 부수토지에 대한 장기보유특별공제율은 어떻게 계산될까?

구주택과 신축주택의 보유기간을 통산한 기간을 주택 부수토지의 보유기간으로 보고 표2의 장기보유특별공제율(8%)을 적용하면 된다.[조심2012중184, 2012.06.27.] 단, 주택은 신축한 주택의 보유기간(사용승인서 교부일~양도일)만을 적용하여 표2의 장기보유특별공제율(8%)을 적용한다. [소득세법 집행기준 95-159의3-1]