쟁점토지가 종중원에게 명의신탁된 토지라고 하더라도 명의신탁자는 청구법인이 아닌 쟁점종중이므로 소유권 환원의 주체가 쟁점종중이 되어야 할 것인 점 등에 비추어 위의 청구주장은 받아들이기 어렵다

청구인이 처분의 통지를 받은 날(2023.5.27.)부터 90일이 지난 2023.8.31. 제기한 이 건 심판청구는 심판청구기간을 도과하여 부적법하다고 판단된다.

청구인들이 甲법인과 쟁점주식에 대한 양수도 계약서를 작성하기 전에 甲법인의 대표이사와 쟁점법인의 실질대표자가 두 회사를 합병하기로 한 사실이 쟁점판결문에서 확인되는 점, 쟁점법인의 주식에 대한 회계법인의 평가의견서 작성일과 甲이 이사회를 개최하여 두 회사의 합병을 목적으로 쟁점법인의 주식 전부를 인수하기로 결의한 날 및 쟁점주식의 양수도 계약일이 모두 동일한 날짜인 점, 甲의 이사회에서 합병을 결의하기 4일 전인 잔금일에 청구인들은 본인들이 보유하고 있던 쟁점법인의 주식을 취득가액에 약 10배에 해당하는 금액으로 甲에게 양도하는 등 이는 의제배당으로 과세되는 것을 방지하기 위한 것으로 보이는 점, 甲은 쟁점주식의 매매대금을 지급하기 전에 합병절차를 일부 진행한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청의 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨

쟁점고용부담금은 장애인고용법 제33조 등에 따라 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주를 대상으로 고용노동부장관이 징수하는 부담금으로, 이는 의무불이행에 대한 제재로서 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당한다고 보는 것이 타당해 보임

쟁점복지포인트의 경우 직급, 근속연수 등에 따라 차등지급되고 있어 근로의 대가 또는 근로조건의 내용을 이루는 것이 아니라고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨

쟁점부칙은 그 자체에서 효력이 유지되는 기간 내지 적용기한을 정하고 있지 않고, 쟁점부칙이 신설된 후 여러 차례 소득세법의 개정을 거치면서도 쟁점부칙을 삭제하거나 그 적용 범위를 제한하는 경과규정을 두는 등 명시적인 조치가 없었던바, 쟁점부칙은 현재까지 그대로 존속하고 있다고 볼 수 있고, 쟁점부칙이 정한 09.3.16.∼12.12.31. 기간 중에 취득한 쟁점부동산의 양도에는 이 건 신설규정이 아니라 실효되지 아니하여 효력이 있는 쟁점부칙이 우선하여 적용되어야 한다고 판단됨

쟁점부동산은 「지방세특례제한법」제177조의2 제1항에 따른 최소납부세제(100분의 85 감면)의 적용대상이라 할 것(조심 2023지407, 2023.11.22. 외 다수, 같은 뜻임)이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

처분청은 청구법인이 취득세 등을 과다 신고·납부한 토지 4,091.51㎡(신고·납부한 면적 36,182.1㎡-비조합원용 토지 32,090.59㎡)에 대한 취득세를 환급하고, 쟁점정비기반시설용토지 8,373.4㎡에 대한 취득세의 50%를 감면하는 것으로 하여 취득세 등을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨.

쟁점교량건설비용은 이 건 건축물과 별개의 물건을 취득하기 위하여 소요된 비용으로서 이 건 건축물의 취득세 등의 과세표준에 포함되는 것으로 보기 어려운 점(조심 2018지842, 2018.12.10. 결정 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 쟁점교량건설비용을 이 건 건축물의 취득세 과세표준에 포함하여 이 건 취득세 등의 부과처분 및 경정청구를 거부한 것은 잘못이 있다고 판단됨.계약서상 계약과 공사 시작일이 사용승인일 이전이었다 하더라도, 실제 공사는 이 건 건축물의 사용승인일 이후에 진행되었고 그 대금의 지급도 사용승인일 이후에 지급되었으므로 이를 이 건 건축물 취득세 과세표준에서 제외하여야 하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점설계비용 및 쟁점인테리어분담금을 이 건 건축물의 취득세 과세표준에 포함하여 이 건 취득세 등의 부과처분 및 경정청구를 거부한 것은 잘못이 있다고 판단됨.

청구법인의 거래 흐름을 보면 세금계산서가 순환거래라는 전형적인 자료상 거래흐름을 보이며, 청구법인은 쟁점거래처들과 스마트양식장 관련 실지거래를 하였다고 주장하면서도 거래 사실을 입증할 수 있는 구체적이고 객관적인 증빙자료를 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 청구법인에게 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨