한국철도공사가 「한국철도공사법」 및 「철도산업발전기본법」에 따라 철도청으로 부터 철도운영자산 현물출자를 받으면서 철도운영자산과 부채에 관한 권리·의무 및 철도청 직원의 고용을 포괄하여 승계한 경우 한국철도공사가 토지를 양도할 때 철도청이 현물출자 전에 해당 토지를 사용·소유하던 기간을 포함하여 「법인세법」제55조의2제1항제3호에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판단하는 것임

쟁점특허권은 청구인이 쟁점사업장과 관련하여 취득한 재산적 가치가 있는 권리로서 쟁점사업장과 관련없이 온정히 개인적으로 취득·보유·양도한 것으로 단정하여 보기 어려우므로 처분청이 쟁점특허권 양도를 쟁점사업장과 관련한 것으로 보아 청구인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다

매일매일 시세가 변동하는 금지금의 특성을 고려할 때, 수개월동안 매입만 하다가 다시 수개월동안 매출만 하는 것은 정상적인 거래로 인정하기 어려운 점 등에 비추어, 매입·매출거래가 정상거래라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

청구법인은 「소득세법 시행령」제12조 제12호 나목에서 규정한 특별법에 따라 설립한 정부출연연구기관이고, 같은 규정에서 정한 연구활동에 직접 종사하는 자와 직접적으로 연구활동을 지원하는 자를 대상으로 급여지급시 월 20만원 이내의 금액을 연구활동비의 명목으로 구분하여 지급한 것으로 확인되는 점, 인건비 지급에 있어 당사자인 청구법인과 임직원 간의 합의에 따라 월 20만원 이내의 금액이 연구활동비로서 지급된 사실이 급여대장에 의하여 확인되는 이상, 「소득세법 시행령」제12조 제12호 소정의 근로소득 비과세 요건을 모두 갖춘 것으로 봄이 타당하고, 달리 예산운용지침에 대한 준수여부나 별도의 지급근거 규정의 유무 등이 근로소득 비과세 요건에 해당한다고 볼 법령상 근거가 없는 점 등에 비추어 쟁점금액이 근로소득 비과세 대상 연구활동비에 해당하지 아니하는 것으로 보아 근로소득(원천)세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단

쟁점매입처가 청구법인의 매입분 부가가치세를 매출세액으로 신고·납부한 사실에는 다툼이 없어, 청구법인이 매입세액공제를 받았다하더라도 이를 통해 국가 조세수입의 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 있었다고 보기는 어려우므로, 10년의 부과제척기간을 적용하여 이 건 부가가치세(세금계산서불성실가산세 제외)를 부과한 처분은 잘못이 있음

청구인은 가격상승이 예상되는 쟁점토지를 매수법인들에게 직접 양도할 경우 쟁점1법인에 양도하는 것에 비하여 더 많은 양도차익을 얻을 수 있었음에도 불구하고 계속기업인 쟁점1법인을 회생시키고 동 법인을 통해 사업을 계속하고자 하는 선택을 한 것으로 나타나는바 청구인의 이러한 경제적 선택을 조세회피목적만이라고 보기는 어려운 점, 청구인이 특수관계법인인 쟁점1법인을 회생시키고자 가격 상승이 예상되는 쟁점토지를 감정가격으로 양도하는 방법을 통해 지원하였다는 사실을 이미 시인하고 있고 이러한 특수관계인 간의 거래에 대하여는 세법상 부당행위계산 부인 등의 규정을 통하여 과세할 수 있도록 별도의 규정이 있는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

00지방법원의 지급명령에 의하면 청구인이 양수법인에 쟁점부동산을 00.0억원에 양도하였음을 이유로 지급명령을 신청한 것으로 확인되어 청구인도 쟁점부동산의 양도대금을 00.0억원으로 인식하고 있었다고 봄이 타당하고 쟁점계약서1과 쟁점계약서2를 별도로 작성할 특별한 사유가 없어 보여 쟁점계약서1을 작성한 행위가 조세탈루를 위한 적극적인 행위가 아니었다는 청구주장을 신뢰하기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

「상속세 및 증여세법」제45조의3에 따라 증여세가 과세되는 경우에는 같은 법 제45조의4를 적용하지 않는 것임