「지방세특례제한법」제74조 제1항에 대한 최소납부세제의 적용은 이미 2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된「지방세특례제한법」에 따라 예정된 것으로 청구법인은 이 건 공동주택 등은 최소납부세제 적용을 충분히 예측할 수 있었다고 보임

산업단지에 대한 취득세 면제조항은 1997년에 신설되어 2015년 감면율 인하 등이 될 때까지 약 17년간 계속되었으므로 청구법인이 쟁점건축물 신축공사를 완료할 때까지 동 면제조항이 유지될 것이라고 기대하는 것이 무리가 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인의 쟁점건축물의 취득에 대하여 종전 「지방세특례제한법」의 쟁점규정을 적용하여야 한다는 청구주장에는 합리적인 이유가 있어 보인다고 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점건축물에 대하여 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

「지방세특례제한법」 제74조 제1항에 대한 최소납부세제의 적용은 이미 2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 「지방세특례제한법」에 따라 예정된 것으로 청구법인은 쟁점부동산에 대한 최소납부세제 적용을 충분히 예측할 수 있었다고 보이는 점, 「지방세특례제한법」 제177조의2 규정의 경우 2016.1.1. 처음으로 시행된 이후 여러 차례 개정되면서 그 적용 대상이 변경된 것은 사실이나 이는 입법자의 고유 권한으로서 납세자가 그 개정 사항을 예측할 수 없었다고 하여 그 적용 여부가 달라지는 것은 아님.

① 「지방세법」 제26조 제2항 제1호와 「채무자회생 및 파산에 관한 법률」 제25조 제4항은 모두 ‘회사의 정리 또는 특별청산에 관한’ 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록에 대한 과세 여부를 규정하고 있으므로 「채무자회생 및 파산에 관한 법률」 제25조 제4항이「지방세법」제26조 제2항 제1호에 대한 특별법에 해당된다고 보기는 어려운 점(서울고등법원 2017.11.15. 선고 2017누362 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 「채무자회생 및 파산에 관한 법률」 제25조에 따라 신주발행 등에 의한 촉탁등기는 등록면허세가 비과세되어야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨.② 이 건 등기와 관련하여 「지방세법」과 「채무자회생 및 파산에 관한 법률」에서 등록면허세 과세여부를 서로 달리 정하고 있어 청구법인의 입장에서는 「채무자회생 및 파산에 관한 법률」에 따라 등록면허세 등을 신고ㆍ납부하지 아니한 것이라고 할 것이고, 동일한 등기행위에 대해 개별 법률에서 과세여부를 서로 달리 정하고 있는 이상 납세자가 양 법률 규정 모두를 사전에 인지하고 등록면허세 등을 신고ㆍ납부하는 것을 기대하는 것이 무리가 있다고 할 것임.

청구인은 이 건 취득세 등을 신고·납부한 후 별도의 경정청구 없이 2023.7.24. 이 건 심판청구를 제기하였으므로 이 건 심판청구는 심판청구 대상이 되는 처분이 존재하지 아니한 상태에서 청구된 부적법한 청구로서 본안심리 대상이 아닌 것으로 판단됨.

청구법인이 「지방세특례제한법」이 개정되어 산업단지 부동산에 대한 취득세 감면율이 35%로 축소된 이후인 2017.7.19. 산업단지 조성사업에 의한 지목변경을 완료하였다 하더라도 쟁점경과규정의 일반적 경과조치에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 취득세 등 합계 ○○원의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단됨.

청구인이 쟁점주택의 분양권 취득일 현재 청구인 세대가 소유한 주택 수를 기준으로 판단하는 것(조심 2022지890, 2023.8.8. 결정 등 다수)인바, 쟁점주택의 분양권을 계약할 당시(2020.10.3.) 청구인의 세대는 청구인 소유의 1억원 이하 1주택만을 소유하고 있었던 것으로 확인되는 점에 비추어 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

「지방세특례제한법」제74조 제1항에 대한 최소납부세제의 적용은 이미 2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된「지방세특례제한법」에 따라 예정된 것으로 청구법인은 이 건 공동주택 등은 최소납부세제 적용을 충분히 예측할 수 있었다고 보임

① 「지방세법」 제26조 제2항 제1호와 「채무자회생 및 파산에 관한 법률」 제25조 제4항은 모두 ‘회사의 정리 또는 특별청산에 관한’ 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록에 대한 과세 여부를 규정하고 있으므로 「채무자회생 및 파산에 관한 법률」 제25조 제4항이「지방세법」제26조 제2항 제1호에 대한 특별법에 해당된다고 보기는 어려운 점(서울고등법원 2017.11.15. 선고 2017누362 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 「채무자회생 및 파산에 관한 법률」 제25조에 따라 신주발행 등에 의한 촉탁등기는 등록면허세가 비과세되어야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨.② 이 건 등기와 관련하여 「지방세법」과 「채무자회생 및 파산에 관한 법률」에서 등록면허세 과세여부를 서로 달리 정하고 있어 청구법인의 입장에서는 「채무자회생 및 파산에 관한 법률」에 따라 등록면허세 등을 신고ㆍ납부하지 아니한 것이라고 할 것이고, 동일한 등기행위에 대해 개별 법률에서 과세여부를 서로 달리 정하고 있는 이상 납세자가 양 법률 규정 모두를 사전에 인지하고 등록면허세 등을 신고ㆍ납부하는 것을 기대하는 것이 무리가 있다고 할 것임.

청구법인은 설립된 이후 오랜 기간 괄목할만한 성장을 이룬 것으로 나타나고, 대표이사는 영업적인 부분에서도 상당한 기여를 한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점금액 전체를 임원보수 과다지급액으로 보아 손금불산입한 처분은 잘못이 있음다만 청구법인의 대표이사에 대한 업무성과에 대한 구체적인 상세평가기준 및 개인별 평가 내역은 별도로 작성하지 않는 것으로 나타나는 점 등에 비추어 대표이사에 대한 성과상여금을 손금불산입대상으로 보아 한 처분은 잘못이 없음