소득세법§95②의 장기보유특별공제액을 계산함에 있어 2주택 상태에서 1주택을 근린생활시설로 용도변경을 하여 사용하다가 이를 양도하는 경우 보유기간은 건물의 취득일로부터 양도일까지의 기간 중 근린생활시설로 사용한 기간인 점(조심 2012서2274, 2012.8.17.), 1세대 1주택에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유특별공제율을 정한 취지, 1세대 다주택자에 대하여 장기보유특별공제의 적용을 배제하는 취지 등에 비추어 보면, 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 소득세법§94①1호에 규정된 자산을 계속하여 보유한 기간만을 통산하여야 하므로 그것이 멸실되었다가 신축되거나 다른 공제율(또는 다른 공제요건)을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에는 그 보유기간을 통산할 수 없음이 원칙이라고 할 것인 점(대법원 2014.9.4. 선고 2012두28025 판결), 등에 비추어 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 양도소득세 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단됨

쟁점농지 인근 주민들은 청구인이 쟁점농지에서 농사를 짓는 것으로 보지 못했다는 취지로 처분청에 진술하였고 청구인은 쟁점농지 외에 과수원 등을 보유하고 있어 청구인이 제출한 비료와 농약 등을 구입한 증빙만으로는 농약 등이 쟁점농지에서 사용되었음이 입증되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

청구인이 제시한 사정으로는 처분청의 재조사 결과가 재조사 결정의 기속력에 반한다고 보기 어렵고, 청구인의 쟁점도자기 취득 여부 및 쟁점토지 양수대가로 쟁점도자기를 이전하였는지 여부가 불분명한 등 청구인이 쟁점토지를 증여받은 것으로 본 처분에 잘못이 없음

먼저 기한후신고에 대한 결정 미통지 및 부과처분과 관련’하여, 청구법인은 위법성을 주장하여 심판청구를 제기하여 우리원으로부터 기각결정을 받은 후, 같은 취지의 내용으로 경정청구를 제기하여 제1차거부처분을 받고 심판청구를 제기하여 우리원으로부터 각하결정을 받았는바, 청구법인의 이 건 심판청구는 청구기간을 도과하여 제기한 것이거나 중복청구에 해당되어 부적법함다음으로 청구법인은 쟁점판결을 근거로 후발적경정청구를 제기하였으나, 쟁점판결은 후발적경정청구사유인 부과처분 관련 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 것으로 확정된 경우에 해당하지 아니하는 것으로 보이는 점, 설령 쟁점판결에서 대표자 선출 결의가 무효임을 설시하였다 하더라도 조세법률관계에 있어서의 지위를 부여하기 위한 것에 불과한 ‘법인으로 보는 단체’승인의 하자를 이유로 해당 부과처분이 당연무료라고 볼 만한 객관적이고 명백한 하자가 있었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 후발적경정청구 사유가 없으므로 처분청이 청구법인의 해당 경정청구를 거부하는 내용의 제2차거부처분(통지)는 사실의 통지에 불과하여 이에 대한 심판청구 역시 부적법함

쟁점중간배당금은 AAA가 배당기준일 전 3개월 이내에 취득한 대하레미콘 주식을 보유함으로써 발생한 것으로 보아 이를 익금불산입 대상에서 제외하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없음. 또한 청구법인이 3개년 이상 동안 지분법적용투자주식이 자산에서 차지하는 비율과 지분법평가이익이 당기순이익에서 차지하는 비율 등을 볼 때 이를 제외한 과거실적을 기초로 하여 추정한 손익이 합리적인 것이라 보기는 어렵고, ‘1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액’을 기초로 하여 평가한 가액으로 하는 것이 가장 객관적이고 합리적인 방법으로 보이므로 청구법인주식 평가와 관련하여, 1주당 순손익가치를 추정이익을 기초로 하여 산정하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려움

청구법인의 매출 대비 제조원가의 비중이 비교적 높고, 제조원가 중 재료비의 비중이 84%에 달하는 등 전형적인 제조업의 특징을 보이고 있는바 청구법인의 주된 업종은 제조업으로 판단되는 점, 청구법인의 주된 업종이 제조업이 아닌 엔지니어링 사업이라고 볼만한 객관적·구체적 입증이 부족한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 업종을 엔지니어링사업에 해당하지 아니하는 것으로 보아 조특법 제7조에 의한 중소기업 특별세액감면 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨

청구인이 제출한 사실확인서, 공사비 계좌이체내역 및 유치권에 의한 권리신고서 등은 소득세법§160의2②에 따른 적격증빙이라고 볼 수 없고 시공사의 유치권 성립 여부 및 실제 공사대금을 상환받았는지 여부가 불분명한 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

청구인은 aaa로부터 쟁점1·2토지의 양도대금을 수수한 객관적인 증빙을 미제시하고 있고 공부상 쟁점1·2토지의 소유권이 aaa에 이전된 내역이 나타나지 않는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

청구법인이 신고한 매출액(수입금액)에는 쟁점②토지의 매출액이 포함되어 있고, 동 매출액은 모두 체납처분비 등에 배분된 것으로 나타나므로 쟁점②토지의 매출액이 사외유출된 것으로 볼 수는 없으나, 청구법인 또한 토지를 매입한 사실이 없음에도 5억원을 토지원가로 계상하고, 이후 잔여자산을 모두 A과 B의 계좌로 출금한 것으로 확인되므로, 토지원가로 계상한 금액의 사외유출 여부 및 사외유출액을 재조사하여 그 결과에 따라 소득처분의 내용을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨

피상속인은 쟁점주식의 양도사실을 부인한 바 있고, 상속개시일 현재 발행법인의 주주명부상 소유자는 피상속인이며 현재 상속인들간 쟁점주식 소유권에 대한 소송이 진행 중 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움