거주자 甲이 보유하고 있는 주택 현황은 다음과 같다.

거주자 甲씨는 A주택 양도 시 2022.5.10. 이후 양도하는 분부터 1세대 1주택 양도소득세 비과세 보유 및 거주기간 재기산하는 규정이 삭제되었기 때문에 양도일 현재 1주택만 보유하고 있는 경우 비과세 보유기간 산정 시 무조건 당초 취득일부터 기산한다는 주변의 얘기를 듣고 직접 세무서에 방문하여 1세대 1주택 비과세로 신고하였다.

세무서에서는 A주택이 1세대 1주택 비과세를 위한 2년의 보유기간 요건을 충족하지 못하였다는 이유로 비과세를 부인하였다.

조특법 99조의2

① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

1. 2022.5.31. 소득세법 시행령 개정사항

2022.5.31. 양도소득세와 관련하여 소득세법 시행령이 개정되었습니다. 당초 원안대로 2022.5.10 이후 양도 분부터 소급하여 적용되며 개정 내용은 아래와 같이 크게 3가지로 나누어 볼 수 있습니다. (단, 2022.5.10. 이전 양도분은 종전 규정이 적용됨을 주의!)

첫째, 다주택자 양도소득세 중과세율 1년간 한시적 배제(소령 167조의3 ①항 12의2, 소령 167조의4 ③항 6의2, 소령 167조의10 ①항 12의2, 소령 167조의11 ①항 12)

☞ 과도한 세 부담 합리화 및 매물출회 유도를 통한 부동산 시장 안정화를 위하여 다주택자가 보유기간이 2년 이상인 주택을 2022.5.10.부터 2023.5.9.까지 양도하는 경우에는 중과세율 적용을 한시적으로 배제하도록 개정하였습니다.

둘째, 1세대 1주택 양도소득세 비과세 보유·거주기간 재기산 제도 폐지(소령 154조 ⑤항)

☞ 매물출회 유도를 통한 부동산 시장 안정화 및 부동산 세제 정상화를 위하여 2022.5.10. 이후 양도하는 분부터 1세대 1주택 양도소득세 비과세 보유 및 거주기간 재기산 조문은 삭제되었습니다. 이에 따라 앞으로는 다주택자가 직전주택을 과세로 양도하였는지 여부와 무관하게 남은 주택이 양도 시점에 1세대 1주택(일시적 2주택 등 포함)에 해당하는 경우 보유기간 및 거주기간은 해당 주택의 취득일부터 기산하는 것입니다.

셋째, 이사 등으로 인한 일시적 1세대 2주택 비과세 요건 완화(소령 155조 ①항)

☞ 납세자 불편 해소 및 부동산 세제 정상화를 위하여 2022.5.10. 이후 양도하는 분부터 중복보유허용기간이 종전 1년에서 2년으로 연장되었으며 전입요건은 삭제되었습니다. 해당 내용을 표로 정리하면 아래와 같습니다.

< 종전·신규주택 모두 조정대상지역인 경우 중복보유허용기간 >

신규주택 취득일	종전	개정
2018.9.13. 이전	3년 내 양도	3년
2018.9.14. ~ 2019.12.16	2년 내 양도	2년 내 양도
2019.12.17. 이후	1년 내 양도 및 전입

단, 종전·신규주택 중 하나라도 비조정대상지역에 소재하는 경우 3년을 적용하며 22.5.10 이후 종전주택을 양도하는 분부터 개정규정을 적용하고 22.5.10 이전 종전주택을 양도시 에는 종전규정을 적용함.

2. 사례 적용

(1) B주택(직전주택) 양도시 비과세 여부

① 양도일 현재 국내에 1주택 보유 여부

1세대 1주택 비과세를 적용함에 있어 조특법 99조의2 요건을 충족한 A주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않으므로 B주택 양도 당시 1주택 요건을 충족하였다.

☞ 조특법 99조의2 이외에도 임대주택, 미분양주택, 신축주택 관련하여 "거주자의 소유주택으로 보지 않는 조특법상 특례 주택 규정들이 있으며 조특법 99조 및 조특법 99조의3의 경우 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31까지 양도한 경우에만 주택 수에서 제외됨을 유의해야 한다.

② 2년 보유 여부

해당 사례의 경우 일반주택(B주택)을 최종주택 보유기간 재기산 조문이 삭제되기 이전인 22.5.10 이전에 양도하였지만 보유기간 기산일은 해당 주택의 당초 취득일부터 기산하므로 요건을 충족하였다. (사전법령해석재산 2021-884, 2021.12.28)

② 2년 거주 여부

2017.8.2. 이전에 취득하였으므로 2년 거주 요건이 필요 없다.

※ 별론 이지만 만약 B주택을 2017.8.3. 이후에 취득하였으나 2017.8.2. 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급하였더라도 계약 당시 조특법상 감면주택을 보유하고 있었기 때문에 무주택자가 아니므로 2년 거주요건이 필요했을 것이다. (서면법령해석재산 2018-240, 2018.05.03)

(2) A주택(쟁점주택) 양도시 비과세 여부

① 양도일 현재 국내에 1주택 보유 여부

양도일 현재 조특법상 감면주택인 A주택만 보유하고 있으므로 요건을 충족하였다.

② 2년 보유 여부

해당 사례에서 쟁점이 되는 부분이며 거주자 甲씨는 1세대 1주택 비과세 요건과 관련 2년의 보유기간을 충족하지 못하여 비과세가 부인되었다.

그렇다면 사례에서는 왜 비과세가 부인된 것일까?

이와 관련하여 유권해석이 있으며 조특법 제99조의2에 해당하는 감면대상 주택을 소유한 상태에서 일반주택을 양도할 때 비과세를 적용받은 후, 감면대상 주택을 1세대 1주택 비과세 적용하기 위한 보유기간의 기산일은 비과세되는 일반주택 양도일의 다음날이 되는 것이라고 답변하였다.

이에 대하여 필자의 개인적인 견해로는 1세대 1주택 비과세를 적용할 때 "해당 조특법상 특례주택은 "해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다." 는 규정이 그 특례주택 외의 주택을 양도하기 전까지는 아예 처음부터 소유하지 않는 개념으로 해석하였다고 판단된다.

즉, 소유가 전제가 되어야 보유기간을 산정할 수 있는 것이므로 해당 사례에서 감면주택(A주택)은 일반주택(B주택) 양도 전까지는 소유하지 않은 것으로 보지만 일반주택(B주택) 양도일 이후부터는 비로소 소유주택으로 전환된 것으로 보기 때문에 비과세 보유기간 산정시에도 비과세되는 일반주택 양도일의 다음날부터 기산한 것으로 판단된다.

☞ 따라서 해당 사례에서 감면주택을 일반주택 양도일의 다음날부터 2년을 보유하고 양도하지 않았으므로 해당 요건을 불충족하였다.

별론 이지만 상기와 같은 취지로 해석한 유사사례를 살펴보면 아래와 같다.

첫째, 일시적 2주택 비과세 특례 요건 중 "종전주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규주택을 취득할 것" 이라는 요건과 관련하여

☞ 일반주택(A)과 조세특례제한법 제99조의2가 적용되는 감면주택(B)을 보유하던 중 일반주택(A)을 비과세로 먼저 양도한 이후, 신규주택(C)을 취득하여 남은 감면주택(B)을 일시적 2주택으로 비과세 받으려 할 때 신규주택(C)은 언제 취득해야 하는지 여부와 관련하여서도 상기와 같은 논리로 일반주택(A) 양도일로부터 1년 지나서 신규주택(C)을 취득하여야 한다는 유권해석이 있다. (서면법령해석재산 2017-141, 2017.09.27)

둘째, 양도소득세에서 비과세와 관련하여 주택 수를 차감해주는 규정은 조특법상 규정과 소득세법상 1세대 1주택 특례 규정(소령 155조)이 있는데 비과세 보유기간 산정과 관련하여서 이에 대한 의미를 구분해 볼 수 있다.

예를 들어 농어촌주택과 관련한 특례 규정은 조특법 99조의4와 소령 155조 ⑦항에 각각 규정되어 있는데 일반주택을 비과세로 양도한 이후 농어촌주택을 양도시 비과세 보유기간 산정여부를 비교한다면 아래와 같다.

구분	조특법 99조의4	소령 155조 ⑦항
남은 농어촌주택 비과세 보유기간	소유주택으로 변경한 날부터 기산함. (서면부동산2021-1605, 2021.09.03)	2022.5.10. 이후 양도하는 분부터 1세대 1주택 양도소득세 비과세 보유 및 거주기간 재기산하는 규정이 삭제되었기 때문에 당초 취득일부터 기산함. (단, 22.5.10 이전에 양도하였더라도 직전주택을 비과세로 양도하였기 때문에 결론은 동일했을 것임)

셋째, 특례주택을 일반주택보다 먼저 양도 시 일반주택의 비과세 보유기간 기산일

상기 사례의 경우 감면주택 외 일반주택을 먼저 양도하고 남은 감면주택을 양도 시 비과세 보유기간과 관련한 사례지만 만약 반대로 감면주택을 먼저 양도(과세)하고 남은 일반주택을 22.5.9 이전까지 양도하는 경우 비과세 보유기간은 어떻게 산정해야 할까? (단, 22.5.10 이후 양도 분부터는 최종주택 보유기간 조문이 삭제되었으므로 해석상 실익이 없음)

즉, 21.1.1 이후 특례주택을 과세로 양도하고 남은 일반주택을 특례주택(직전주택) 양도일부터 2년 이상 보유하지 않고 22.5.9 이전까지 양도한 사례라고 가정한다면 특례주택(직전주택) 양도일부터 보유기간을 산정하여 비과세가 부인되는지 아니면 일반주택 당초 취득일부터 보유기간을 산정하여 비과세가 인정되는지 여부와 관련하여

☞ 삭제 전 최종주택 보유기간 조문(소령 154조 ⑤항 단서)에서는 "2주택 이상" 여부를 판단함에 있어 특례주택을 제외하는 별도의 명문규정이 없었기 때문에 해석상 모호함이 있었으나 최근 기재부 유권해석에서 최종주택 보유기간 판단 시에도 특례주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것으로 해석하였다. (기획재정부재산 -895, 2022.08.05)

③ 2년 거주 여부

2017.8.2. 이전에 취득하였으므로 2년 거주 요건이 필요 없다.

☞ 기준법령해석재산 2021-109, 2021.06.29

’17.8.2. 이전에 취득한 「조세특례제한법」 제99조의2 감면대상 주택에 대한 1세대 1주택 비과세 판정 시, 해당 주택에 대하여는 「소득세법 시행령」(2017.9.19. 대통령령 제28293호) 부칙 제2조 제2항 제1호에 따라, 같은 법 시행령 제154조 제1항의 거주요건은 적용하지 않는다.

결론적으로 말하면 상기의 사례에서 일반주택을 비과세로 양도 후 남은 조특법상 감면주택 양도시 비과세 보유기간 산정을 소유주택으로 변경된 날부터 기산한다는 해석은 22.5.10 이후 양도 분부터 삭제된 최종주택 보유기간 조문과는 관계가 없으므로 실무상 주의가 필요해 보인다.

즉, 조특법상 감면주택에 대한 양도 의뢰가 들어온다면 1세대 1주택 비과세 여부를 판정함에 있어 해당 조특법상 감면주택의 존재로 직전 주택을 비과세로 양도했는지 여부를 추가로 확인해야 할 것으로 보인다.

마지막으로 해당 사례에서는 감면주택을 소유주택으로 변경된 날부터 2년 이상 보유하지 않고 양도하였기 때문에 비과세가 부인되었지만 만약 2년 이상 보유하고(즉, 비과세 요건을 충족) 양도하였을 때 계산과 관련하여 몇 가지 정리하자면 아래와 같다.

첫째, 해당 감면주택이 1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 고가주택인 경우

종전의 해석은 두 법을 중복적용 할 수 없고 비과세와 감면규정 중 납세자가 유리한 규정을 선택하는 것으로 해석하였으나 최근 다수의 유권해석 및 심판사례는 소득세법 95조 ③항 및 같은 법 시행령 160조(고가주택에 대한 양도차익 등의 계산)에 따라 소득세법상 비과세 규정을 우선 적용하고 고가주택 초과분에 대하여 감면규정을 적용하는 것으로 해석하였다.

둘째, 직전주택 양도일 이후의 기간분에 대하여만 비과세 적용하는지 여부

우선 소득세법 시행령 155조 (20)항의 거주주택 비과세의 경우 2019.2.12. 소득세법 시행령 개정으로 평생 1회에 대해서만 거주주택 비과세가 허용되는 것으로 개정되었으며 2019년 2월 12일 이후 취득하여 임대사업자등록한 경우에는 해당 임대주택들이 임대의무기간 종료 후 순차적으로 거주주택으로 전환하게 되더라도 마지막으로 보유한 직전거주주택보유주택에 대해서만 직전거주주택 양도일 이후 기간분에 대해서 비과세 적용받고 직전거주주택은 비과세 규정이 적용되지 않는 것으로 개정되었다.

☞ 그렇다면 상기의 사례와 같이 비과세 요건을 충족한 감면주택을 양도하는 경우에도 거주주택 비과세와 같이 직전주택 양도일 이후의 양도차익에 대한 부분만 비과세가 가능한 것일까?

먼저 이에 대한 명확한 유권해석 등이 없어 독자들의 판단으로 넘기겠지만 개인적인 사견으로는 소령 155조 (20)항에 의거 직전거주주택 양도일 이후 기간분에 대하여서만 비과세 적용받는 규정은 직전거주주택보유주택 이외에는 별도의 명문규정이 없으므로 해당 사례와 같이 직전거주주택보유주택이 아닌 감면주택의 경우 전체 양도차익에 대하여 비과세를 적용하는 것이 타당하다고 생각한다.

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일반주택을 비과세로 양도한 뒤 남은 농어촌주택(조특법 99조의4)의 보유기간 기산일과 관련하여 기존 국세청 유권해석(서면부동산 2021-1605, 2021.09.03)과 반대되는 기재부 유권해석(기획재정부 재산 -1049, 2022.08.25)이 나왔습니다.

즉, 기존의 국세청 유권해석은 일반주택과 농어촌주택을 보유한 거주자가 일반주택을 비과세로 양도한 뒤 남은 농어촌주택의 보유기간 기산일을 소유주택으로 변경된 날부터 기산하는 것으로 해석하였으나,

최근에 나온 기재부 유권해석은 일반주택과 농어촌주택(조특법 99조의4)의 보유기간 기산일 모두 해당 주택의 취득일부터 기산하는 것으로 해석하였습니다.

다만, 상기의 기재부 유권해석과 관련하여 필자의 개인적인 생각으로는 기존의 국세청 유권해석은 조특법 97조부터 99조까지(즉, 임대주택, 미분양주택, 신축주택, 농어촌주택)의 특례주택 조문 중 "1세대 1주택 비과세 판정시 거주자의 소유주택으로 보지 않는 규정"들에 대하여 각 조문별로 보유기간 기산일을 소유주택으로 변경된 날부터 기산하는 것으로 해석하였으나

금번에 나온 기재부 유권해석은 조특법 99조의4와 관련한 해석으로서 이를 조특법 99조의4 농어촌주택에 대해서만 한정하여 해석해야 할 것인지 아니면 모든 특례주택에 대하여 동일하게 해석할 수 있는지에 대해서는 여전히 주의해야 할 필요가 있을 것으로 판단됩니다. (즉, 조특법 99조의4 외에 다른 특례주택에 대해서도 동일한 취지의 기재부 유권해석이 나와야 할 것으로 보임)