거주자 甲이 보유하고 있는 주택 현황은 다음과 같다.

거주자 甲씨는 A거주주택을 B임대주택 말소일로부터 5년 이내 양도하였기 때문에 거주주택 비과세 적용이 가능한 것으로 판단하여 이를 비과세로 신고하였다.

세무서에서는 직전주택 양도일인 2021.4.27.부터 2년 이상 보유한 후 양도한 것이 아니라는 이유로 당초 신고한 비과세를 부인하고 과세로 수정 신고하라고 안내하였다.

소득세법 시행령 155조 <22>항

라. 제167조의3 제1항 제2호 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조 제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)이 다음의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소되고 제167조의3 제1항 제2호 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에서 정한 임대기간요건을 갖추지 못하게 된 때에는 그 등록이 말소된 날에 해당 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.

1) 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제1항제11호에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(같은 법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우로 한정한다)

2) 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된 경우

소득세법 시행령 155조 <23>항

제167조의3 제1항 제2호 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 등록이 말소된 경우에는 해당 등록이 말소된 이후(장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 등록 말소 이후를 말한다) 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 제20항을 적용한다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제1항제11호에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우(같은 법 제43조에 따른 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 한정한다)

2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된 경우

1. 민특법 개정(2020.8.18.시행)

2020.7.10. 부동산 대책의 일환으로 민특법을 전면 개정하였으며 이에 대한 주요내용은 아래와 같습니다.

① 단기임대(4년) 및 아파트 장기일반 매입임대(8년) 폐지

② 단기임대주택에서 장기일반민간임대주택으로 전환불가

③ 폐지되는 유형인 단기임대 및 아파트 장기일반 매입임대주택의 자진말소 및 자동말소 시행

④ 폐지되는 유형 외의 장기임대 유형은 유지하되 의무임대기간을 8년에서 10년으로 연장

2. 임대주택 세제지원 보완조치로 인한 소득세법 시행령 개정

당초 7.10 주택시장 안정 보완대책 발표 내용에 따라 폐지되는 유형의 임대주택에 대한 자진말소 및 자동말소가 시행되면 세법상 의무임대기간을 충족하지 못함에 따라 거주주택 비과세 특례, 종부세 합산배제, 다주택자 중과배제 등 혜택을 받을 수 없는 것이 아니냐에 대한 논란이 있었으며 이에 대하여 민특법상 개정으로 인한 불가피한 상황임을 고려하여 2020.8.7. 임대주택 세제지원 보완조치를 발표하였고 이를 반영하여 2020.10.7 소득세법 시행령을 개정하였습니다.

해당 사례와 관련한 거주주택 비과세에 대한 개정사항을 요약하면 아래와 같습니다.

(1) 의무임대기간을 미충족한 상태에서 자진·자동말소된 후 거주주택 양도시 비과세 규정

① 자진말소[소령 155조 23항 1호]

민특법 개정으로 폐지되는 유형(단기임대주택 및 아파트 장기일반민간임대주택)의 주택을 의무임대기간 경과 전에 자진말소(민특법상 의무임대기간의 1/2 이상 임대 및 임차인의 동의 받은 경우 한정)한 후 말소일로부터 5년 이내 거주주택을 양도하는 경우 비과세 가능

② 자동말소[소령 155조 23항 2호]

민특법 개정으로 폐지되는 유형의 주택이 의무임대기간 경과로 인하여 자동말소 되는 경우 말소일로부터 5년 이내 거주주택을 양도하는 경우 비과세 가능

(2) 거주주택 비과세를 적용받은 이후 의무임대기간을 미충족한 상태에서 자진·자동말소된 경우 추징 제외 규정

① 자진말소[소령 155조 22항 2호 라목 1)]

이미 거주주택 비과세를 적용받은 상태에서 의무임대기간 경과 전에 폐지되는 유형의 주택을 자진말소(민특법상 의무임대기간의 1/2 이상 임대 및 임차인의 동의 받은 경우 한정)하는 경우 이미 받은 거주주택 비과세 추징 제외

② 자동말소[소령 155조 22항 2호 라목 2)]

이미 거주주택 비과세를 적용받은 상태에서 의무임대기간 경과로 인하여 폐지되는 유형의 주택이 자동말소되는 경우 이미 받은 거주주택 비과세 추징 제외

3. 사례분석

(1) B임대주택 양도시 중과세율 적용 여부

1세대 1주택 비과세가 적용되지 않고 양도일 현재 2주택자로서 양도주택이 조정대상지역에 소재하고 있으므로 중과세율 적용 여부를 판단해야 합니다.

다만, 사례에서 B임대주택의 경우 단기임대주택으로서(폐지유형에 해당) 의무임대기간 경과로 인하여 자동말소 되었으며 아래의 요건을 모두 충족한 경우 중과배제가 가능합니다.

요건	내용
① 의무임대기간요건	2018.3.31. 이전에 등록하였으므로 모든 주택을 단기임대주택 혹은 장기임대주택으로 등록한 후 5년 이상 임대할 것 ☞ 단, 단기임대주택이 자동말소로 인하여 의무임대기간을 채우지 못한 경우라도 소령 167조의3 ①항 2호 단서규정에 의거하여 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.
② 가액요건	임대개시일 당시 6억원(수도권 밖은 3억원) 이하일 것
③ 증액제한	임대료(임대보증금) 증액 5% 이하일 것(2019.2.12. 이후 임대차계약을 갱신하거나 새로 체결하는 분부터 적용)
④ 등록요건	지자체 및 세무서에 주택임대사업자로 등록할 것
⑤ 취득시기	유주택자가 18.9.14 이후 조정대상지역에 소재한 주택을 취득하여 등록한 것이 아님. (물론 해당 사례는 2018.3.31. 이전 등록이기 때문에 판단의 실익이 없음)
⑥ 양도시기	자동말소의 경우 양도시기 제한 없음.

(2) A거주주택 양도시 거주주택 비과세 적용 여부

먼저 해당 사례를 논하기 이전에 자동말소된 B임대주택을 양도하지 않고 거주주택을 먼저 양도한 경우라고 가정하고 거주주택 비과세 적용을 받기 위한 B임대주택 요건을 살펴본다면 아래와 같습니다.

요건	내용
① 의무임대기간요건	2020.7.10 이전에 등록(신청)하였으므로 모든 주택을 단기임대주택 혹은 장기임대주택으로 등록한 후 5년 이상 임대할 것 ☞ 단, 단기임대주택이 자동말소로 인하여 의무임대기간을 채우지 못한 경우라도 소령 155조 23항 2호에 의거하여 말소일로부터 5년 이내 거주주택을 양도하는 경우 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.
② 가액요건	임대개시일 당시 6억원(수도권 밖은 3억원) 이하일 것
③ 증액제한	임대료(임대보증금) 증액 5% 이하일 것(2019.2.12. 이후 임대차계약을 갱신하거나 새로 체결하는 분부터 적용)
④ 등록요건	지자체 및 세무서에 주택임대사업자로 등록할 것
⑤ 취득시기	무관 (2020.7.10. 이전 등록은 소령 167조의3 ①항 2호 가목을 적용하기 때문이고 2020.7.11. 이후 등록은 마목을 적용하더라도 167조의3 ①항 2호 마목에서 중과배제주택 제외규정 1)~3) 中 1)을 제외하지 않음.
⑥ 양도시기	무관 (장기임대주택이 아닌 거주주택을 말소일로부터 5년 이내 양도하는 것임)

또한 B임대주택이 상기의 요건을 모두 충족하였고 A거주주택을 보유기간 중 2년 이상 거주하고 말소일로부터 5년 이내 거주주택을 양도하는 경우에는 거주주택 비과세가 가능합니다.

거주자 甲씨는 해당 사례에서 상기에서 언급한 임대주택과 거주주택 요건을 모두 충족한 상태에서 자동 말소된 B임대주택의 말소일로부터 5년 이내에 거주주택을 양도하여 비과세로 신고하였음에도 세무서에서 이를 부인하였습니다. 이유는 무엇일까요?

이에 대한 최근 유권해석이 있으며(사전법령해석재산 2021-1191, 2021.12.07) 임대등록이 자동 말소된 임대주택을 먼저 양도한 후 거주주택 양도한 경우에는 거주주택 비과세 특례에 해당하지 않는다고 답변하였습니다.

이러한 해석의 이유는 아마도 거주주택 양도 당시 장기임대주택이 존재하고 있지 않기 때문에 거주주택의 지위를 가질 수 없다고 판단한 것으로 보입니다. (즉, 거주주택 비과세 특례 적용시 거주주택은 장기임대주택이 존재하고 있어야만 비로소 성립될 수 있는 개념으로 본 것임)

유사한 사례로 보이지만 1채가 아닌 여러 채의 장기임대주택을 보유하다가 자동 말소된 장기임대주택 중 일부를 양도하고 남은 장기임대주택과 거주주택을 보유한 상태에서 말소일로부터 5년 이내에 양도하는 경우 거주주택 비과세가 가능한 유권해석(사전법령해석재산 2021-710, 2021.06.30)과 비교되며(단, 이는 거주주택 비과세 특례 적용 가부 측면에서만 비교한 것이므로 이외의 최종주택 보유기간 적용 등에 대한 판단은 사실관계에 따라 달라질 수 있음을 주의할 것)

또한 1채의 장기임대주택과 거주주택을 보유하다가 자동 말소된 장기임대주택에 전입(거주)하여 장기임대주택을 임대하고 있지 않은 상태에서 말소일로부터 5년 이내 양도하는 경우 거주주택 비과세가 가능한 유권해석(기획재정부재산 -151, 2022.01.24)과 비교됩니다.

특히 상기의 유권해석은(기획재정부재산 -151, 2022.01.24) 자진말소(혹은 자동말소) 이후 양도일까지 임대의무, 사업자등록, 임대료 증액제한 준수 의무를 유지해야 하는지에 대한 논란이 있었던 사안으로 금번 기재부 유권해석이 나옴에 따라 거주주택 양도시 까지 유지하지 않더라도 거주주택 비과세 특례 적용이 가능한 것으로 답변함으로써 해당 논란을 종식하였습니다. 아마도 민특법 개정으로 인하여 불가피하게 말소된(혹은 말소한) 상황에서 말소 이후 거주주택의 양도일까지 임대의무, 사업자등록, 임대료 증액제한 준수의무를 요구하기에는 다소 가혹한 부분이 있다는 점을 반영한 것으로 보입니다.

별론 이지만 2019.2.12. 개정된 거주주택 비과세 특례 평생 1회 적용 여부 판단 시에도 장기임대주택이 존재하여야 비로소 거주주택의 지위가 성립될 수 있다는 취지로 나온 유권해석(서면법령해석재산 2020-1464, 2021.03.08)이 있으며 이에 대한 내용은 추후 다뤄보도록 하겠습니다.

결론적으로 해당 사례는 거주주택 양도 당시 장기임대주택이 존재하고 있지 않기 때문에 더 이상 거주주택 비과세 특례 규정이 아닌 1세대 1주택 비과세 규정으로 판단해야 하는 것입니다.

(1) 비과세 적용 여부(소령 154조 ①항 충족 여부)

① 2년 보유 여부

소령 154조 ⑤항에 의거하여 원칙적으로 비과세 보유기간 기산점은 해당 주택의 당초 취득일부터 기산하나 해당 사례의 경우 자동 말소된 B임대주택을 21.1.1 이후 과세로 양도하고 남은 최종 1주택인 A주택을 양도하는 경우이므로 직전주택 양도일부터 보유기간을 기산한다. 따라서 직전주택(B주택) 양도일인 2021.4.27.부터 2년 이상 보유하고 양도하지 않았으므로 요건 불충족 하였다.

② 2년 거주 여부(단, 해당 사례로만 판정한 것임)

2017.8.2. 이전에 취득하였으므로 2년 거주 요건이 필요 없다.

※ 별론 이지만 해당 사례와 관계없이 일반적인 거주주택 비과세 특례 규정을 판단할 때 거주주택의 2년 거주요건은 소령 155조 <20>항에 별도로 규정하고 있기 때문에 조정대상지역 소재 여부와 무관하게 보유기간 중 2년의 거주요건을 충족하여야 한다.

(2) 장특공제 표2 적용 여부

과세되는 1세대 1주택을 양도하는 경우 표2 적용 여부는 소령 159조의4에 의거 아래의 요건을 모두 충족한 경우에 가능하다.

① 양도일 현재 국내에 1주택 혹은 소령 155조 등의 요건을 충족하여 1주택을 보는 주택을 보유할 것

② 3년 이상 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상일 것

따라서 해당 사례에서는 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있기 때문에 ①번 요건을 충족하였고 비과세 보유기간 및 거주기간을 직전주택 양도일로부터 기산하더라도 장특공제 보유기간 및 거주기간의 기산점은 해당 주택의 취득일부터 기산하기 때문에 ②번 요건 또한 충족하였으므로 표2 적용이 가능할 것으로 판단된다.(서면법령해석재산 2020-1806, 2020.06.08)