거주자 甲씨는 1세대 3주택자 이다. (보유주택 모두 조정대상지역에 소재하며 중과주택수에서 제외되는 주택은 없음)

그러다가 A주택 한 채(해당 주택은 2010.8.3. 취득함)를 급하게 양도해야 할 일이 생겼는데 2021.6.1 이후 양도분부터 3주택 이상 보유자가 조정대상지역에 소재하는 주택을 양도하는 경우 중과세율이 종전 20%에서 30%로 인상되고 심지어 장특공제도 배제되다 보니 세금이 많이 나올까봐 덜컥 걱정이 앞섰다.

이에 대해 양도세 신고를 의뢰받은 세무사 K씨는 A주택을 2009.3.16.~2012.12.31. 사이에 취득하였기 때문에 해당 A주택을 양도하더라도 중과세율이 적용되지 않으며 장기보유특별공제도 적용이 가능하다고 얘기를 해주었다.

거주자 甲씨는 생각지도 못한 얘기에 안심을 하고 해당 주택을 바로 양도하였으며 세무사가 얘기해준 내용대로 양도세 신고를 진행하였다.

세무서에서는 해당 주택을 2009.3.16.~2012.12.31. 사이에 취득하였다 할지라도 양도물건이 토지가 아닌 주택이기 때문에 소득세법 부칙 14조 규정을 적용할 수 없으며 이에 따라 중과세율+30%를 적용하고 장특공제를 부인하여 수정신고 하라고 안내하였다.

소득세법 부칙 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례)

① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.

② 제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다. -> 삭제 < 2012. 1. 1.>

해당 사례를 이해하기 위해서는 주택과 비사업용토지 중과 규정의 개정연혁 및 소득세법 부칙 14조의 개정연혁을 모두 살펴보아야 하는데 이를 모두 열거하기에는 내용이 너무 방대하기 때문에 해당 사례에서 쟁점이 되는 부분에 초점을 두어 간략히 서술하도록 하겠다.

1. 소득세법 부칙 < 제9270호, 2008. 12. 26.>

제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례)

① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다. < 개정 2010. 12. 27.>

② 제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다. -> 삭제 < 2012. 1. 1.>

다주택자와 비사업용토지의 경우 2009년 이전까지 중과세율이 적용되다가 글로벌 금융위기에 따라 침체된 부동산 경기를 활성화시킬 목적으로 소득세법 104조 ⑥항에 특례세율을 별도로 개정하여 2012.12.31. 이전까지 양도하는 경우 중과세율을 완화하는 규정을 신설하였다.

다만, 해당 특례세율 규정은 2012.12.31. 이전까지 양도하는 경우에만 적용되다 보니 시장에 미치는 효과가 미비할 것을 우려하여 동기간에 취득한 중과대상자산에 대하여도 완화세율을 적용하는 취지로 신설된 것이 상기의 부칙 규정이다.(해당 부칙규정은 2008.12.26.에 최초로 신설되어 2010.12.31.까지 취득한 자산에 대하여 적용하다가 2010.12.27. 개정으로 2012.12.31. 까지 취득한 자산으로 특례기간이 연장되었으며 2012.1.1. ②항이 삭제됨.)

2. 비사업용토지의 소득세법 부칙 제14조 적용 논의

2009.3.16.~2012.12.31. 사이에 취득한 비사업용토지를 양도하는 경우 양도시기에 따른 장특공제 여부를 요약하면 아래와 같다. (세율의 경우 특례기간 내에 취득시 양도시기와 관련 없이 누진세율이 적용되므로 이에 대한 내용은 생략함.)

(1) 2015.12.31. 이전까지 양도분

먼저 부칙규정을 살펴보면 부칙 14조 ①항에 의거 2009.3.16.~2012.12.31. 사이에 취득한 자산을 양도하여 특례세율이 적용되는 경우 세율 측면에서 이미 혜택을 받는 것이기 때문에 부칙 14조 ②항에 따라 장특공제는 허용되지 않았다.

그러다가 2012.1.1.부터 다주택자에 대한 장기보유특별공제 적용하는 것으로 개정되면서 다주택자에 대하여 장특공제를 배제하던 부칙 규정(부칙 14조 ②항)도 의미가 없어져서 삭제하였다.

하지만 해당 부칙 규정을 삭제하는 대신 소법 95조 ②항(장특공제 관련 조문)을 개정하여 장특공제 적용대상 자산에서 비사토를 제외함에 따라 2009.3.16.~2012.12.31. 사이에 취득한 비사업용토지를 양도하는 경우 세율은 누진세율을 적용받지만 장특공제는 배제되었다. (비사업용토지의 경우 개정 전 소법 95조 ②항은 비사업용토지에 대한 할증세율을 적용하는 경우 장특공제 적용을 배제하였으나 2012.1.1. 개정 이후부터 비사업용토지 자체가 장특공제 적용자산에서 제외됨)

(2) 2016.1.1.~2016.12.31. 양도분

2016.1.1.부터 소법 95조 ②항(장특공제 관련 조문) 개정으로 비사업용토지를 양도하더라도 장특공제를 허용하였다. 하지만 장특공제 보유기간에 대한 기산점이 2016.1.1. 이후부터 기산됨으로 인하여 실질적으로는 장특공제를 적용받기가 어려웠다.

(3) 2017.1.1. 이후 양도분

2016년 장특공제 개정과 관련하여 보유기간 기산점에 대한 논란이 일자 2017.1.1. 재개정을 통하여 해당 기산점을 당초 취득일로 변경하였다. 이에 따라 2009.3.16.~2012.12.31. 사이에 취득한 비사업용토지를 양도하는 경우 누진세율이 적용되며 장특공제도 허용된다.

2016.1.1. 이후부터(실질적으로는 2017.1.1. 이후부터) 소법 95조 ②항 개정으로 비사업용토지 양도시 장특공제가 허용되면서 간혹 2012.1.1. 삭제 전 부칙규정을 보고 누진세율이 적용되더라도 장특공제는 배제되어야 하는 것이 아닌가에 대한 질의를 많이 받았다.

하지만 상기에서 언급하였듯이 부칙 14조 ②항은 2012년에 삭제되었고 2016.1.1. 이후부터(실질적으로는 2017.1.1. 이후부터) 소법 95조 ②항에서 비사토의 경우 장특공제를 허용하고 있기 때문에 누진세율을 적용받은 경우라도 장특공제는 허용되는 것으로 판단된다.

별론으로 아직 확정도 되지 않은 사항에 대하여 언급하기에는 조심스러운 부분이 있으나 금번 3.29 부동산대책 내용 중 2022.1.1. 이후부터 비사업용토지 양도시 20%를 할증과세하고 장특공제를 배제하는 내용이 원안대로 개정된다면 필자의 생각으로는 2009.3.16.~2012.12.31. 사이에 취득한 비사업용토지를 양도하는 경우라도 장특공제 적용은 힘들 것으로 예상된다. (단, 이는 확정되지 않은 사안에 대한 필자의 예상일뿐이며 3.29 부동산대책과 관련한 자세한 내용은 기존 칼럼을 참고하길 바란다.)

3. 다주택자 소득세법 부칙 14조 적용 논의

상기에서 이미 언급하였듯이 글로벌 금융위기로 침체된 부동산을 활성화 시킬 목적으로 소득세법 부칙 14조를 신설하여 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도하는 경우에는 중과세율이 아닌 누진세율이 적용되었음을 알 수 있다. (단, 장특공제의 경우 비사토에서 살펴보았던 것처럼 개정연혁별로 적용여부가 달라질 수 있음.)

그렇다면 앞서 비사업용토지의 경우 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도시 할증과세가 아닌 누진세율이 적용되는데 반해 다주택자인 거주자 甲씨가 조정대상지역에 소재한 A주택을 양도하였을 때 중과세율이 적용되고 장특공제가 배제된 이유는 무엇일까?

이에 대하여 조세심판원의 다주택자의 경과부칙 적용배제에 대한 몇 가지 판단근거 중 필자가 생각하기에 이해가 될 만한 근거를 요약하자면 아래와 같다.

2014년에 다주택자 양도세 중과제도가 폐지됨에 따라 소득세법 104조 개정을 통하여 104조 ①항 4호부터 7호(다주택자 중과세율 관련 조문)까지를 삭제하였다. 단, 비사업용토지 중과세율 관련 조문인 104조 ①항 8호 및 9호는 종전대로 존재함.

그러다가 2018.4.1. 이후 양도 분부터 다주택자가 조정대상지역에 소재한 주택을 양도하는 경우 중과세율을 적용하는 내용을 104 ⑦항에 별도로 신설하였으며 또한 소법 95조 ②항을 개정하여 장특공제 적용대상 자산에 소법 104조 ⑦항에 해당하는 자산을 제외하였다.

상기의 내용을 가지고 부칙 규정을 보면서 다시 설명하면 아래와 같다.

소득세법 부칙 < 제9270호, 2008. 12. 26.>

제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례)

① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다.

먼저 부칙 14조 ①항에서 언급하고 있는 104조 제1항 제4호부터 제9호까지를 당시 세법 규정에 따라 열거하면 아래와 같다.

즉, 조세심판원의 해석은 부칙에서 열거하는 4호~7호까지의 다주택자 중과세율과 관련한 조문은 2014년에 삭제가 되었고 2018.4.1. 이후 양도분부터 적용하는 다주택자 중과세율은 104조 ⑦항에 별도로 신설하여 조문의 위치가 다르기 때문에 부칙규정을 적용할 수 없다고 보았다. (반대로 8호 및 9호에 해당하는 비사업용토지 중과세율과 관련한 조문은 2014년에 삭제되지 않고 현재까지도 존재하고 있기 때문에 적용될 수 있는 것으로 판단됨)

아무쪼록 다주택자가 조정대상지역에 소재한 주택을 양도함에 있어서 양도한 주택이 2009.3.16.~2012.12.31. 사이에 취득하였다는 이유로(즉, 소득세법 부칙 14조 내용만을 보고)누진세율을 적용하여 신고하는 실수를 하지 않도록 주의해야 할 것으로 보인다.

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다주택자가 2009.3.16. ~ 2012.12.31. 사이에 취득한 조정대상지역 내 주택을 양도하는 경우 중과세율을 적용한다는 기존 기재부 유권해석(기획재정부재산 -852, 2018.10.10)과 반대되는 기재부 유권해석(기획재정부재산 -1422, 2023.12.26)이 나왔습니다.

즉, 금번 기재부 유권해석에 따르면 다주택자가 2009.3.16. ~ 2012.12.31. 사이에 취득한 조정대상지역 내 주택을 2018.4.1. 이후 양도한 경우 기본세율이 적용될 수 있는 것으로 해석하였습니다.

다만, 해당 케이스에서 누진세율을 적용하는 경우 장기보유특별공제 적용 여부에 대해서는 해석이 모호하므로 추후 이에 대한 명확한 해석이 나오면 추가하여 공지하도록 하겠습니다.