거주자 甲씨는 4년 전에 상속 받은 주택을 보유하고 있는 1주택자이다. 나이가 들어 해당 주택을 양도 후 공기 좋은 시골로 내려가 말년을 보낼 계획을 가지고 있다.

하지만 보유하고 있던 주택이 몇 년 새 가격이 많이 올라 시세가 9억이 넘어가다 보니 세금이 많이 나올 수 있다는 주변의 얘기를 듣고 걱정이 되었다.

이에 근처에 있는 세무사 사무실에 방문하여 세금 계산을 의뢰하였는데 해당 세무사 말로는 거주자 甲씨가 1주택자로서 양도가액이 9억원을 초과하기 때문에 어느 정도 세금이 나올 수는 있지만 상속개시일 당시 동일세대원인 경우에는 1세대 1주택 비과세 판단 및 장특공제 계산시 피상속인의 보유기간 및 거주기간까지 통산해 주기 때문에 그리 많이 나오않을 것이라며 너무 걱정 말라고 답변해주었다.

해당 답변에 마음을 놓은 甲씨는 시골 생활을 기대하며 해당 주택을 양도 하였고 설명해준 내용대로 양도세 신고를 진행하였다.

< 사실관계 >

- 2010.02.02. 서울특별시 ○○구 ♤♤동 소재 A주택 피상속인이 취득
- 2017.09.15. 상속인인 배우자 甲씨는 A주택을 동일세대원인 남편으로부터 단독 상속*
* 상속 전 피상속인과 상속인 甲씨는 A주택에서 2년 이상 거주하였고 상속개시일 이후 상속인은 A주택에서 거주하지 않음.
- 2021.10.04. A주택 11억에 양도

세무서에서는 장특공제 적용시 피상속인의 보유기간 및 거주기간을 통산하는 것이 아닌 상속개시일부터 기산하는 것이라는 이유로 상속개시일부터 기산한 장특공제로 수정신고 하라는 안내문을 보내왔다.

소득세법 시행령 제162조 ①항

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

소득세법 제95조 ④항

제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.  

소득세법 제95조 ②항 단서

다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. 

소득세법 시행령 제159조의4

법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조·제155조의2·제156조의2·제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조 제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다.  

소득세법 시행령 제154조 ⑧항

1세대 1주택 비과세를 위한 거주기간 또는 보유기간을 계산할 때 다음 각 호의 기간을 통산한다.

3. 상속받은 주택으로서 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 동일세대인 경우에는 상속개시 전에 상속인과 피상속인이 동일세대로서 거주하고 보유한 기간

사전법령해석재산 2021-202, 2021.08.24

동일세대원으로부터 상속받은 1세대1주택(고가주택)의 장기보유특별공제 적용 시, 소득법§95② 표2 적용 대상 여부를 판정함에 있어, 피상속인과 상속인이 동일세대원으로서 보유기간·거주기간을 통산함

1. 비과세 여부 판정

상속개시일 당시 동일세대원인 자로부터 상속받은 주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 여부를 판정함에 있어서 보유기간 및 거주기간은 상속인과 피상속인이 동일세대로서 거주하고 보유한 기간을 통산한다. (소득세법 집행기준 89-154-30)

(1) 동일세대 여부

거주자 甲씨는 피상속인의 배우자로서 배우자의 경우 주민등록상 세대를 분리해도 거주자와 당연히 세대를 구성한다. 즉, 동거여부를 묻지 않는다.

(2) 2년 이상 보유기간 여부

해당 사례에서 피상속인의 보유기간과 상속인인 甲씨의 보유기간을 통산하여 2년 이상 보유하였으므로 충족함.

(3) 2년 이상 거주기간 여부

보유기간과 마찬가지로 거주기간의 경우에도 피상속인의 거주기간과 상속인의 거주기간을 통산하지만 해당 사례의 경우 17.8.2 이전에 피상속인이 취득한 조정대상지역 내 주택을 17.8.2 당시 동일세대원이었던 상속인이 상속개시일에 동일세대원으로서 상속받은 주택을 양도하는 것이므로 1세대 1주택 비과세 판정시 거주요건을 요하지 않는다. (서면법령해석재산 2020-3884, 2021.04.23)

별론 이지만 만약 17.8.2 이전에 피상속인이 취득한 조정대상지역 내 주택을 배우자가 아닌 자녀가 17.8.3 이후에 합가하여 동일세대원이 된 경우로서 상속받은 주택을 양도하는 경우에는 2년 이상의 거주요건이 필요하다. (사전법령해석재산 2020-1047, 2021.05.04)

2. 장기보유특별공제 계산 판정

(1) 상속받은 자산의 장기보유특별공제 계산을 위한 보유기간 기산일

상속개시일부터 기산한다. 이는 해당 상속 받은 주택이 동일세대원으로부터 상속받은 경우에도 마찬가지이다. (서면부동산2015-71,2015.3.11.)

(2) 장기보유특별공제 계산

실무상 동일세대원으로부터 상속받은 주택을 양도시 자주 실수하는 부분 중 하나가 바로 장특공제 계산시 기산점에 관한 부분이다.

아마도 상속개시 당시 동일세대원으로부터 상속받은 주택에 대한 비과세 판단시 피상속인과 상속인의 보유기간 및 거주기간을 통산하는 규정(소득세법 시행령 154조 ⑧항 3호) 및 세율 적용시 피상속인의 당초 취득일부터 기산한다는 규정(소법 104조 ②항 1호)을 장기보유특별공제 계산시에도 똑같이 해석하는 실수 때문인 것으로 보인다.

다시 정리하자면 상속 받은 주택 양도시 비과세 판단, 장기보유특별공제, 세율 적용은 별개로 판단해야 한다. 따라서 상속받은 자산의 장기보유특별공제 계산을 위한 보유기간 계산은 소득세법 95조 ④항에 의거하여 그 자산의 취득일부터 양도일까지이며 이 때의 보유기간 기산점인 자산의 취득일은 상속개시일이 되는 것이다. (이는 동일세대원으로부터 상속받은 경우라도 마찬가지이다.)

특히 최근 이와 관련한 유권해석(사전법령해석재산2021-202,2021.08.24)이 나오면서 많은 질문을 받았었는데 이를 논의하기 전에 먼저 장기보유특별공제와 관련한 최근 개정사항을 살펴본다.

① 2019.1.1. 이후 양도 분부터 표1 적용시 연간공제율이 3%에서 2%로 하향 되었고 적용기간은 10년에서 15년으로 연장되었다. 따라서 최대 30% 공제를 받으려면 15년 이상 보유해야 하는 것이다. (소득세법 95조 개정사항)

② 2018년 9.13 부동산대책의 일환으로 2020.1.1 이후 양도 분부터 2년 이상 거주한 경우에 한하여 표2 적용이 가능하고 2년 미만 거주시 표1을 적용하는 것으로 개정되었다. (소득세법 시행령 159의3 개정사항, 2021.2.17. 소득세법 시행령 159조의4로 이동)

③ 2019년 12.16 부동산대책의 일환으로 2021.1.1. 이후 양도 분부터 표2를 적용할 때 보유기간과 거주기간에 따라 각각 연간 4% 공제율을 적용하는 것으로 개정되었다. (소득세법 95조 개정사항)

따라서 1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 고가주택 양도시 장특공제 계산을 위한 거주요건은 두 단계로 나누어 볼 수 있다. (단, "두 단계로 나눈다"라는 표현은 설명의 편의를 위하여 임의로 만든 것임.)

첫 번째, 표2를 적용받기 위한 거주기간

1. 2년 이상 거주요건 불충족시 : 표2 적용 불가(따라서 표1 적용)
2. 2년 이상 거주요건 충족시 : 표2 적용 가능

둘째, 장특공제 계산을 위한 거주기간(표2 적용시 보유기간별 거주기간별 공제율 적용)

첫 번째 단계에서 2년 이상만 거주하였다면 일단 표2 적용이 가능하며 장특공제 계산시 실제 보유기간과 거주기간에 각각 4%씩을 곱하여 계산한다.

즉, 해당 유권해석은 동일세대원으로부터 상속받은 고가주택의 장특공제 적용시 표2를 적용받기 위한 2년 이상 거주기간과 관련한 통산 내용이지 장특공제 계산(보유기간별 거주기간별 공제율 적용)을 위한 거주기간 통산 내용이 아니다. (즉, 상기 내용에서 첫 번째 단계의 "표2를 적용받기 위한 거주기간"과 관련한 유권해석임)

따라서 두 번째 단계인 장특공제 계산을 위한 보유기간과 거주기간은 상속개시일부터 기산하는 것이다.

마지막으로 해당 사례의 내용으로 장특공제 계산을 살펴보면 아래와 같다.

첫째, 표1 vs 표2 적용 여부

양도일이 2020.1.1. 이후이므로 거주자 甲씨가 상속개시일 이후 거주하지 않았으나 피상속인의 거주기간과 통산하여 2년 이상이므로 표2 적용이 가능하다.

둘째, 표2를 적용한 장특공제 계산(보유기간별 거주기간별 공제율 적용)

양도일이 2021.1.1. 이후이므로 보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율을 적용하여 장특공제를 계산해야 하며 상속개시일로부터 보유기간은 4년 이상~5년 미만이나 거주기간은 없으므로 16% 공제율(보유기간 4년 x 4% + 거주기간 0년 x 4%)를 적용해야 한다.

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※ 필자주

Ⅰ. 해당 사례와 같이 표2 적용시 보유기간 공제율만으로 계산을 하는 다소 특수한 경우를 정리해보면 아래와 같습니다.

① 동일세대원으로부터 상속받은 1세대 1주택(고가주택)의 장특공제 적용함에 있어서 피상속인과 상속인의 거주기간을 통산하여 2년 이상이나 상속개시일 부터 상속인이 보유기간은 3년 이상이나 거주한 기간이 2년 미만인 경우

② 조특법 98조의2(지방 미분양주택 취득에 대한 양도소득세 등 과세특례)에 해당하는 경우로서 보유기간은 3년 이상이나 거주한 기간이 2년 미만인 경우

→ 소득세법 95조 ②항 각 표 외의 부분 본문에도 불구하고 장기보유특별공제는 표2를 적용할 수 있기 때문에 2년 거주 없이도 표2를 적용할 수 있는 것으로 해석할 수 있게 된다. 그렇다면 예를 들어 A주택(조특법 98조의2에 해당)을 10년을 보유하고 거주를 하지 못한 경우 장특공제 적용시 2년 거주를 하지 못해도 표2를 적용할 수 있으므로 보유기간별 공제율만 고려하여 40%(10년×4%)를 적용하게 된다.

조특법 제98조의2(지방 미분양주택 취득에 대한 양도소득세 등 과세특례)

① 거주자가 2008년 11월 3일부터 2010년 12월 31일까지의 기간 중에 취득(2010년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)한 수도권 밖에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조 제2항 각 표 외의 부분 본문과 같은 법 제104조 제1항 제3호에도 불구하고 장기보유특별공제액 및 세율은 다음 각 호의 규정을 적용한다.

1. 장기보유특별공제액: 양도차익에 「소득세법」 제95조제2항 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액

2. 세율: 「소득세법」 제104조제1항제1호에 따른 세율

Ⅱ. 2년 이상 거주해야 표2를 적용받을 수 있는 내용과 관련한 최근 유권해석은 아래와 같습니다.

① 동일세대원으로부터 상속받은 1세대 1주택(고가주택)의 장특공제 적용

→ 사전법령해석재산2021-202(2021.08.24.)

② 재개발·재건축 청산금 납부한 경우에 청산금 납부 부분과 관련한 장특공제 적용

→ 사전법령해석재산 2020-386(2020.11.23.)