거주자 甲씨는 1주택자로서 본인이 거주하고 있던 서울 소재 A아파트가 재건축이 되었다. 갑씨가 가지고 있던 기존 아파트의 평가액인 권리가액(6억)보다 새로 분양받을 아파트의 분양가액인 조합원 분양가(8억)이 높아서 그 차액인 청산금(2억)을 납부하였다.

甲씨는 급전이 필요하여 준공된 재건축 아파트를 양도하였고 근처 세무법인에 양도소득세 신고를 의뢰하였다.

이에 대해 양도세 신고를 의뢰받은 세무사 K씨는 甲씨가 1주택자로서 비과세 요건을 충족하였기 때문에 비과세가 가능하며 9억 초과분에 대해서만 세금을 내면 된다고 얘기를 하였으며 특히 장기보유특별공제의 경우 2020.1.1. 이후 양도분부터 2년 거주한 경우에만 최대 80% 공제가 가능한데 甲씨의 경우 2004년 5월부터 2007년까지 이미 2년 이상 거주하였기 때문에 80%공제를 적용받을 수 있어 세금이 많이 나오지 않을 거라고 안심을 시켜 주었고 이와 같은 내용으로 양도세 신고를 진행하였다.

세무서에서는 준공된 재건축 아파트로서 청산금을 납부한 경우 기존건물분 양도차익과 청산금납부분 양도차익으로 나눠서 계산해야하는데 기존주택에서는 2년 거주하였으나 신축주택에서는 2년 거주하지 않았기 때문에 청산금납부분 양도차익 계산시 장기보유특별공제를 표2(최대 80%)가 아닌 표1(최대 30%)를 적용하는 것으로 판단, 표2를 적용한 장기보유특별공제를 부인하였다.

소득세법 시행령 제159조의3

소득세법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다.

소득세법 시행령 제166조 ② 1호

1. 청산금을 납부하는 경우 : (1)+(2)

(1) 청산금납부분 양도차익

관리처분계획인가후 양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)

(2) 기존건물분양도차익

관리처분계획인가후 양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금) + 관리처분계획인가전 양도차익

소득세법 시행령 제166조 ⑤ 2호

2. 제2항제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

■ 사전법령해석재산 2020-386, 2020.11.23

기존주택에서는 2년 이상 거주했으나 신축주택에서는 2년 이상 거주하지 않은 경우에는 청산금납부분 양도차익에 대해 「소득세법」 제95조 제2항 표 2.에 따른 보유기간별 공제율을 적용하지 아니하는 것임

재개발·재건축 아파트를 준공 이후 양도하는 경우로서 청산금을 납부한 케이스라면 소득세법 시행령 166조 ② 1호에 따라 기존건물분 양도차익과 청산금납부분 양도차익으로 구분하여 계산하게 되는데 상기 사례는 청산금 납부분 양도차익 계산시 장기보유특별공제 적용이 문제가 되었던 사례이다.

2020.1.1. 이전 양도분 까지는 이에 대하여 문제가 없었다. 왜냐하면 그 이전에는 거주기간 2년에 대한 검토는 비과세 판단과 관련한 이슈였었고 도시 및 주거환경정비법에 의한 재개발·재건축 아파트를 1세대 1주택 비과세 받기 위한 보유기간 계산은 기존주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 통산하며(즉, 공사기간 포함) 거주기간 계산도 기존주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 실제거주기간을 통산한다. (관리처분계획인가 이후에도 철거되지 않고 사실주거용으로 사용되는 경우 거주기간 인정)

하지만 2020.1.1. 이후 양도분부터 1세대 1주택 비과세되는 고가주택 양도시 표2 적용을 받기 위한 요건에 2년 거주기간이 신설되면서 2년 거주한 경우에만 표2(최대 80%) 적용이 가능하고 그렇지 못한 경우에는 표1(최대 30%)을 적용받게 되면서 재개발·재건축 아파트 청산금 납부분 양도차익과 관련한 장기보유특별공제 계산에도 새로운 이슈가 생긴 것이다.

최근에 나온 유권해석은 아마도 필자의 생각으로는 재개발재건축 아파트 청산금 납부와 관련한 장기보유특별공제 보유기간을 소득세법 시행령 166조 ⑤항 2호에서 별도로 두고 있으며 기존건물분 양도차익의 경우 기존주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 기간으로 보유기간을 계산하지만 청산금 납부분 양도차익의 경우 관리처분계획인가일부터 신축주택 양도일까지의 기간으로 보유기간을 계산하기 때문에 청산금 납부분 양도차익과 관련한 장기보유특별공제 표2 적용을 위한 거주기간 계산도 관리처분계획인가일부터 신축주택 양도일까지의 기간으로 해석한 것으로 보인다.

이에 따라 장기보유특별공제 계산시 기존주택에 2년 거주하였더라고 신규주택에 2년 거주하지 않은 경우 기존건물분 양도차익은 표2 적용이 가능하지만 청산금납부분 양도차익은 표1을 적용하게 되는 것이다.

물론 해당 사례는 서울에 소재하고 있는 A아파트로서 1세대 1주택 비과세 판단시 거주요건과 관련하여 2017.8.2. 이전 취득한 조정대상지역 내 주택을 재건축하여 2017.8.3. 이후 준공한 경우이기 때문에 2년 거주요건 충족 없이도 비과세가 가능하기는 하지만 2020.1.1.이후 부터는 장기보유특별공제 표2 적용을 위하여 거주기간을 2년을 채워야 하기 때문에 표2 적용을 받기 위해서라도 거주기간에 대한 검토가 꼭 필요했었던 케이스인 것이다.

끝으로 1세대 1주택(혹은 일시적 2주택 비과세 등) 비과세 판단을 요하는 양도 의뢰가 들어온다면 조정대상지역 지정 전에 취득(만약 조정대상 지정 전 매매계약을 한 경우라면 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 입증이 되고 매매계약일 체결 당시 무주택자여야 거주요건 불요)하는 등의 사유로 비과세 판단시 2년 거주요건이 필요 없었다 할지라도 장기보유특별공제 때문이라도 항상 2년 거주요건을 체크해야 하는 습관을 들여야 실수를 방지할 수 있을 것으로 보인다.

특히 해당 사례와 같은 재개발·재건축 아파트 청산금 납부케이스가 의뢰가 들어온 경우 청산금 납부분 양도차익 계산시 장기보유특별공제와 관련한 거주기간은 통산의 개념이 아니니 필히 기존주택 거주기간과 신규주택 거주기간을 따로 검토해야 할 것으로 보인다.