거주자 甲씨는 2015년 4월에 경기도에 있는 토지가 수용되었고 2019년 2월에 소송을 통하여 증액보상금을 수령하게 되었다.

거주자 甲씨는 이미 2015년 4월 수용 당시에는 수용감면을 적용하여 신고기한 내 적법하게 신고한 상태였기 때문에 증액보상금 수령분에 대하여는 양도소득세 신고를 하지 않았다.

세무서에서는 2019년 2월에 추가로 받은 증액 보상금에 대하여 수정신고하라는 안내문을 보내왔다.

조세특례제한법 77조 [공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면]

「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 사업인정고시일부터 2년 이전에 취득한 토지 등을 2021년 12월 31 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 일정 비율에 상당하는 세액을 감면한다.

소득세법 시행령 162조[양도 또는 취득의 시기]

①항 7호. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.

부동산거래관리 -1061, 2011.12.21

거주자가 소유하는 토지가 2010.1.1. 이후 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공공사업의 시행자에게 수용되어 사업시행자 명의로 소유권이전등기하고, 소유권이전등기일을 기준으로 법정신고기한까지 양도소득과세표준신고서를 제출한 이후 토지 보상가액에 대한 소송에 의하여 보상금이 증액된 경우, 해당 증액된 보상금은 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고 하여야 하는 것이며, 납세자가 증액된 보상금의 수령일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 과세표준수정신고서를 제출하고 동시에 추가자진납부하는 경우 「국세기본법」제48조제1항에 따라 신고·납부불성실가산세가 적용되지 아니하는 것입니다.

토지 등이 국가·지방자치단체 등 공익사업시행자에게 양도되거나 수용되는 경우 토지 소유자의 의사와는 상관없이 소유권이 이전될 수 있다는 점과 시가보상을 해주지 못하는 여건 및 공익사업이 원활하게 수행될 수 있도록 하기 위하여 세법에서 감면 규정을 마련하였다.

또한 일반적으로 수용 절차는 다음과 같다.

사업인정 고시 → 토지조서 및 물건조서 작성 → 협의 → 재결(1차 증액) by 토지수용위원회 → 이의신청(2차증액) → 행정소송(3차 증액)

토지의 보상가액은 먼저 사업지행자와 토지 소유자의 협의가 원칙이지만 협의가 이루어지지 않는 경우에는 재결, 이의신청, 행정소송 순으로 결정이 된다.

재결 신청을 하는 경우 사업시행자는 수용개시일까지 재결에서 정한 수용보상금을 직접 지급하거나 공탁해야만 수용 대상 토지 등의 소유권을 취득한다.

따라서 토지 소유자는 이의재결 혹은 행정소송 진행 여부와 별개로 양도소득세 신고를 해야 한다. 또한 추후 보상금이 증액되는 경우에는 수정신고를 해야한다.

해당 사례를 이해하기 위해서는 먼저 수용과 관련한 취득시기를 알아야 하는데 이에 대한 개정연혁은 다음과 같다.

종전에는 일반적인 자산의 취득시기와 마찬가지로 잔금청산일과 소유권등기접수일 중 빠른날을 취득시기로 하였으나 이렇게 되면 동일한 공익사업지역에서 토지를 수용할 때 보상금에 대한 불복 등에 따라 양도시기가 달라지는 문제점이 발생하여 이를 해결하기 위해 수용개시일을 추가하였다.

또한 소유권과 관련한 소송이 있는 경우 그 소송판결의 결과에 따라 납세의무자가 확정되는 점을 감안하여 소유권소송 판결확정일을 양도시기로 하였다.

사례에서 거주자 甲씨는 2015월 4월에 수용되어 이 때를 양도시기로 하여 수용감면을 적용 받아 양도소득세를 신고하였다. 다만, 보상금에 대해 이의가 있어 추후 소송(소유권 관련 소송은 아님)을 하였고 이에 대하여 2019년 2월에 증액 보상금을 추가로 수령하게 되었다.

이런 상황에서 실무적으로 다음과 같은 의문점이 생길 수 있다.

첫째, 증액보상금의 양도시기는 언제로 해야하는지?
둘째, 납부불성실가산세 적용시 기산일은 언제부터 적용해야하는지?

결론부터 얘기하자면 증액보상금과 관련한 양도시기는 증액보상금 수령일이 아닌 당초 양도시기인 2015년 4월로 한다. 즉, 증액보상으로 양도시기가 변동되는 것은 아니라는 것이다.

왜냐하면 상기에서도 언급한 것처럼 보상금에 대한 불복 등에 따라 양도시기가 달라지는 문제점을 해결하기 위하여 양도시기에 수용개시일을 추가하였기 때문이다. 따라서 수용감면과 관련한 감면율 적용시에도 2015년 당시의 세법에 따른 감면율을 적용해야 한다.

또한 납세자가 증액된 보상금의 수령일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 과세표준수정신고서를 제출하고 동시에 추가자진납부하는 경우에는 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세가 적용되지 아니한다.

만약 보상금수령일의 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 신고납부하지 못하는 경우에는 가산세가 부과되는데 그 중 납부불성실가산세 적용과 관련하여 기산점은 당초 양도일에 대한 법정신고기한이 아닌 보상금수령일에 대한 법정신고기한의 다음날부터 기산한다.

실제로 증액보상과 관련한 수정신고 내용 상담 중 보상금 수령일로부터 2개월이 지난 후 신고하게 되어 가산세를 물게 되는 경우와 양도시기를 착각하여 당초 양도시기에 대한 신고납부기한의 다음날부터 납부불성실가산세를 계산하는 경우를 보게 되는데 이에 대한 주의를 요한다.

위 사례의 쟁점은 아니나 원칙적으로 소송비용은 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액의 경우에만 필요경비로 인정되나 예외적으로 토지 등이 협의매수 또는 수용되는 경우 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용의 경우에는 양도소득을 얻기 위하여 직접 필요한 경비에 해당한다고 보아 증액보상금의 한도내에서 2015.2.13.이후 양도 분부터 자본적지출 등에 해당하는 것으로 개정되었다.

결론적으로 말하면 토지가 수용되고 나서 보상금 재결에 따라 증액되는 경우에는 보상금수령일로부터 2개월 이내에 수정신고 해야 가산세가 적용되지 않고 해당 증액과 관련한 소송비용의 경우에도 필요경비로 산입될 수 있음을 기억해야 하겠다.